Шеннону устраивают побег из тюрьмы и организуют уход его семьи в джунгли, к Тейлору, но прикрывавшая отход Алисия Вашингтон погибает, застреленная Лукасом. Она передаёт Тейлору свой совет: чтобы победить в этой войне, им необходимо перекрыть связь с будущим: для жителей Терра Новы единственный шанс — прервать поставки оружия и поддержку оккупационных войск.
Тейлор, обдумав всё, решает последовать совету Вашингтон. Для этого нужно проникнуть в будущее и уничтожить площадь Надежды. Перед очередным сеансом связи Скай, завоевавшая некоторое доверие Лукаса, задерживает его в джунглях и помогает перехватить грузовик с контейнером, отправляемым в будущее. В подменённом грузе отправляется Джим Шеннон с трофейной бомбой для взрыва площади Надежды — это взорвать терминал в будущем. Открывшие в 2149 году прибывший контейнер вынуждены спасаться — оттуда вылез крупный плотоядный ящер, посеявший панику. В это время Шеннон, прятавшийся за динозавром, устанавливает в служебных помещениях бомбу, активирует её и возвращается сквозь портал, после чего он взрывается.
Мира обескуражена невозможностью возврата в будущее, а наёмники, будто исполняя заранее данный приказ, покидают поселение и уезжают в отдалённое место, которое называют «Бэдланд».
Тейлор с соратниками возвращаются в Терра Нову и в неотправленном в будущее грузе находят носовой фрагмент старинного морского корабля, что очень всех удивляет.

Во время перемещения очередной партии переселенцев на одном из прибывших оказывается взрывное устройство, почти сразу взорвавшееся. Джим Шеннон, в этот момент встречавший вышедшую из портала Кару, девушку Джоша, попадает под взрыв и теряет сознание. Придя в сознание, он обнаруживает, что находится в медпункте Терра Новы и узнаёт, что прошло уже три дня. Ему рассказывают, что произошло.
В результате взрыва погибло и пострадало несколько человек, погибла и Кара. Но самое главное: взрыв уничтожил приёмный терминал. Тем самым нападающие переиграли Тейлора: после разрушения терминала портал потерял привязку к месту, точка прибытия переместилась, и отряд наёмных солдат из будущего на бронемашинах смог беспрепятственно переместиться и начать захват Терра Новы. Оставленный там маленький отряд под командованием Алисии Вашингтон держал оборону, пока мог, но был вынужден сложить оружие, когда наёмники начали обстреливать мирных жителей. Отряд Тейлора не успел прийти к ним на помощь, а теперь, когда мирные жители оказались фактически в заложниках, он скрывается в джунглях и выжидает. Поселенцы оказывают посильное сопротивление оккупантам, но они мало что могут: за любое явное неповиновение следует жестокая расправа. Шеннон, прикинувшись покалеченным, поддерживает связь с Тейлором, помогая планировать атаки на конвои.
Хозяева Лукаса планируют создать взрывом мощной бомбы гигантский карьер для добычи полезных ископаемых и переправки их в будущее. Благодаря Шеннону Тейлор предотвращает взрыв и захватывает бомбу. Лукас разоблачает шпионаж Шеннона и пытает его в тюрьме.

Джим и Тейлор уличают Скай в шпионаже в пользу «шестых». Между тем, Лукас успешно завершил расчёты, полностью изменяющие технологию работы портала времени, который теперь работает в обе стороны. Лукас озвучивает намерение своих работодателей из 2149-го о вторжении в Терра Нову.
Тейлор ожидает полномасштабную атаку с приходом одиннадцатого потока через несколько дней и начинает планирование обороны Терра Новы. Он хочет воспользоваться тем, что точка прибытия известна, и создать рядом с выходом из портала непреодолимый рубеж обороны.
Несмотря на предательство Скай, Каррен спасает её мать из лагеря «шестых», а медицинский персонал Терра Новы высказывает оптимистические надежды, что состояние больной матери Скай улучшится.

Командир Тейлор в одиночку отправляется в джунгли и сталкивается там с Мирой. По очереди они берут друг друга в плен, но, столкнувшись с хищниками, оказываются вынуждены действовать сообща и в итоге расходятся каждый своей дорогой. За время общения они лучше узнают друг друга и даже проникаются взаимным уважением. Мира рассказывает, что работает с «шестыми» из-за бедственного положения своей семьи в будущем и оставшейся там больной дочери. Она подтверждает Тейлору, что группа очень богатых людей в будущем решила использовать прошлое как источник ресурсов. После того, как Лукас был изгнан, а Филбрик — убит, они оплатили мнимый «выигрыш в лотерею» для группы боевиков, переброшенных в шестом потоке, которая должна была захватить власть в Терра Нове и обеспечить Лукасу возможность работы.
Джим Шеннон засекает световые кодовые сигналы на территории Терра Новы, но не успевает захватить шпиона и добывает лишь каплю крови убежавшей Скай. До завершения анализа ДНК Скай проникает в медпункт и уничтожает образец, но Шеннон очерчивает круг подозреваемых в 47 человек.
Скай посещает стоянку «шестых» и передаёт им информацию. Оказывается, она делает это регулярно, за что «шестые» поддерживают жизнь её больной матери, находящейся там и официально считающейся погибшей от болезни. Необходимое лекарство есть только у «шестых».
Лукас приближается к завершению своей работы, в скором времени ожидается возможность открытия портала в будущее.

Бойлен не признаёт себя виновным в шпионаже, настаивая, что имел с «шестыми» только деловые контакты. Однако он сообщает Джиму Шеннону место, где в джунглях зарыт убитый Тейлором человек, чей переход в Терра Нову не отражён в документах. Джим находит останки убитого, Элизабет тайком исследует их.
Охранники Терра Новы ловят стрекозу «шестых» со шпионской микрокамерой и бармена отпускают, сняв подозрения.
Тейлор пытается «надавить» на Шеннона, чтобы тот прекратил расследование смерти неизвестного, но получив твёрдый отказ, рассказывает Джиму, что произошло пять лет назад. Прибывший со вторым потоком Лукас, как оказалось, получил в будущем задание найти возможность создания портала обратно в будущее. Пославшие его планировали вместо развития Терра Новы превратить её в источник ресурсов для будущего мира. Убитый — генерал Филбрик, в прошлом — командир и учитель Тейлора. Его переместили в прошлое между потоками, чтобы снять Тейлора с должности. Тейлор отказался подчиниться и в возникшей стычке убил генерала, а когда Лукас попытался стрелять в него самого, обезоружил сына и выгнал его в джунгли. А Бойлен, служивший тогда в охране Терра Новы и оказавшийся дежурным, помог Тейлору избавиться от тела генерала и за молчание получил возможность открыть собственный бар.

Из джунглей в Терра Нову возвращается экспедиция, возглавляемая Кеннетом Хортеном, выдающимся учёным, кумиром Мэдди. Мэдди начинает помогать ему в работе, но по мере общения замечает всё больше нестыковок: Хортен совершенно не помнит ни о её письме, на которое отвечал, ни о содержании собственных книг, занимается совсем не той работой, о которой мечтал перед переселением в Терра Нову. Мэдди подозревает, что под именем Хортена скрывается самозванец. Пытаясь получить доказательства, она берёт образец ДНК учёного, ищет о нём информацию в базах данных и следит за ним.
Мира требует от Джоша во исполнение ранее данного обещания выкрасть лекарство, воспользовавшись доступом в медпункт своей матери. Взамен она проводит видеосеанс связи с его подружкой в будущем, обещая переместить её с ближайшим потоком в Терра Нову. Джош крадёт лекарства и передаёт их Бойлену.
Командир Тейлор встречает в джунглях ранее изгнанного туда провинившегося, спасает его от хищника и взамен поручает выяснить, кто из Терра Новы работает на «шестых».
Мэдди оказывается права, на месте Хортена — его изменивший внешность ассистент, убивший руководителя, чтобы попасть в Терра Нову. Он пытается убить и Мэдди, но отец успевает спасти её. Джош, узнав, что из-за его кражи могут умереть больные в Терра Нове, сознаётся родителям и рассказывает им о связи Бойлена с «шестыми». Прижатый бармен подтверждает Джиму Шеннону возможности «шестых» по общению с будущим, и тот передаёт всю информацию командиру Тейлору.

Падающий в непосредственной близости от Терра Новы крупный металлический метеорит взрывается в воздухе, не долетев до земли, что приводит к сильному электромагнитному импульсу. Вся электроника в Терра Нове выходит из строя, а вместе с ней отключается автоматика защиты периметра, перестают работать диагностические и лечебные установки у медиков. Джим и Зои застревают в подземном бункере, где Джим с помощью компьютера показывал Зои виды Земли будущего.
Последней надеждой Терра Новы оказывается бармен Бойлен. Как выясняется, он — специалист по ремонту тонкой электроники. Его задача — починить всего один сгоревший чип, который позволит работать дубликатору, производящему микросхемы для замены вышедших из строя. Но процесс это небыстрый — Терра Нова остаётся без электронной защиты почти на сутки.
Узнав о неполадках в Терра Нове, Мира немедленно отправляет всех своих людей на вылазку. Цель — добыть ту самую таинственную шкатулку, которую не смогла принести девочка в четвёртом эпизоде. Несмотря на предпринятые Тейлором усиленные меры безопасности, на сей раз попытка удаётся. Прекрасное знание нападавших о месте, где хранился прибор, показывает, что в Терра Нове продолжают действовать осведомители Миры, причём они очень хорошо информированы.
Мэдди и Рейнольдс, тайком отправившиеся на вылазку в джунгли непосредственно перед инцидентом, застревают, лишённые, как и все, автоматики и средств связи. Им приходится возвращаться пешком, ночуя в джунглях на дереве и серьёзно рискуя жизнью. Как ни странно, отсутствия Мэгги из-за всеобщего переполоха никто не замечает.
Сын Тейлора, Лукас, получает от Миры добытую «шкатулку». Она оказывается прибором (который почему-то совершенно не пострадал, в отличие от всей электроники Терра Новы), очевидно, как-то связанным с работой Лукаса.

Кенни Фостер, солдат из охраны Терра Новы, погиб. Улики указывают на убийство. Джим Шеннон ведёт расследование и быстро выходит на пожилого Ховарда Милнера, женатого на гораздо более молодой Ребекке, официантке из столовой, по слухам, изменявшей мужу с Фостером. Милнер тут же признаётся в убийстве, его показания более или менее сходятся с реальностью. Тейлор приговаривает Милнера к изгнанию из Терра Новы — он должен навсегда уйти за периметр с небольшим запасом вещей и оружием, что практически равносильно смертному приговору.
Отчасти из-за мнения Элизабет, отчасти из-за того, что расследование прошло слишком просто, Джим начинает сомневаться, что найден истинный убийца. Найдя в джунглях Ховарда, он сводит того с женой и в результате выясняет, что признание Милнера — самооговор. Муж до безумия любил молодую жену, хотя знал о любовнике. Он решил, что Ребекка убила Фостера и, чтобы спасти её, взял вину на себя. Дальнейшее расследование показывает, что в баре у Бойлена ведётся незаконная игра в карты на деньги, бухгалтерия выводит на истинного убийцу — одного из сослуживцев Фостера, проигравшего ему крупную сумму денег. Провокация, устроенная подозреваемому, подтверждает его вину.
Джим узнаёт, что его сын работает в баре. Благодаря Зои биологи выводят из найденного в джунглях яйца динозавра.
Джош встречается с Мирой и узнаёт цену передачи сообщения в будущее: Мира требует от него обещания впоследствии выполнить одну её просьбу.

В колонию из джунглей приходит десятилетняя девочка, жившая ранее у «шестых». Она говорит, что бросила «шестых» из-за плохой жизни и хочет вернуться назад, в будущее, к своей бабушке. Девочке объясняют, что через портал можно пройти только в одну сторону. На первое время она поселяется в доме Шеннонов и оказывается под опекой Мэгги и Элизабет. Тейлор не доверяет девочке и, как оказывается, вполне справедливо: при первой же возможности она проникает в дом, где раньше жила Мира, извлекает из тайника в полу странную шкатулку и пытается бежать. После поимки она рассказывает, что Мира заставила её пойти за шкатулкой, угрожая её брату. Джим хочет пойти к «шестым» за братом девочки, Тейлор запрещает это делать, поскольку правдивость рассказа девочки — под большим сомнением. Тем не менее, Джим отправляется в джунгли, где попадает в плен к «шестым». Мира освобождает Джима, отдаёт ему брата девочки, а также рассказывает Джиму, что Тэйлор неугоден каким-то могущественным людям в будущем, и именно эти люди собрали и отправили команду для его отстранения от власти. Лично Мире за выполнение задания обещана возможность воссоединиться со своей дочерью, оставшейся в будущем. Мира намекает Джиму, что истинная цель создания Терра Новы отличается от провозглашаемой официально.

Персонал третьей научной станции в джунглях перестаёт отвечать на запросы. Отправившиеся туда Тэйлор, Элизабет и солдат охраны обнаруживают, что учёные столкнулись с новым вирусом, который вызывает заболевание, за двое суток полностью блокирующее память человека: сначала начинаются провалы в памяти, потом человек забывает ближайшее прошлое до момента какого-либо очень яркого старого воспоминания и перестаёт понимать, где находится, затем полностью отключается. Тейлор, Малкольм и Элизабет тоже заражены, на ногах остаётся только Элизабет и Джим, который почему-то не заболел. Элизабет, уже забывшая собственного мужа и детей, должна найти лекарство от вируса за те несколько часов, которые у неё остались, чтобы спасти собственную память и всех остальных.
Тем временем Скай, похоже, окончательно влюбилась в Джоша, а он продолжает вспоминать о девушке, оставшейся в будущем. Скай предлагает Джошу помощь — сводит его с Бойленом, хозяином бара, который при условии сохранения тайны и за большие деньги может помочь установить связь с будущим и обеспечить вызов нужного человека. Пока что Джош нанимается работать в бар. Джош не знает, что бармен поддерживает связи с «шестыми», которые имеют собственный канал связи с будущим, как и о том, что Мира, едва услышав, что бармену удалось «привязать» к себе сына единственного полицейского в Терра Нове, тут же решает использовать его в своих целях.